잘 알려진 바와 같이 신 한·일어업협정 제15조는 “이 협정의 어떠한 규정도 어업에 관한 사항 외의 국제법상 문제에 관한 각 체약국의 입장을 해하는 것으로 간주되어서는 아니된다”고 규정하고 있다. 이 조항은 배제조항(Exclusion Clause) 내지 분리조항(Disclaimer Clause)이라 불리는 것이다. 본래 신 한·일어업협정이 독도 영유권문제와 무관하다는 점을 포함해서 한·일간의 주요 국제법상의 쟁점에 대한 한국의 기존 입장에 영향이 없음을 강조하기 위한 조항으로 고안된 것이었다. 
하지만 분리조항의 내용이 당초 의도와는 달리 잘못 규정되어 결과적으로 어업협정(혹은 어업문제)과 한국의 독도영유권문제 양자를 분리하기는 커녕, 오히려 일본의 독도(=다케시마) 영유권 주장을 한국의 독도 영유권 주장과 등가(等價)의 가치와 수준으로 승격시키는 중대한 잘못을 저질렀다. 그 이유는 “이 협정의 어떠한 규정도 어업에 관한 사항 외의 국제법상 문제, 특히 다케시마(=독도) 영유권문제에 관한 일본의 입장을 해하는 것으로 간주되어서는 아니된다”는 법률적 주장(영토적 청구)이 가능하게 되었고, 아울러 이 같은 법률적 주장과 해석론이 신 한·일어업협정이라는 국제협정에 의해 한국의 그것과 동등한 가치를 갖는 것으로 ‘법적 보장’을 받았기 때문이다.
이와 같이 양립할 수 없는 정반대의 영토적 청구, 곧 한국의 독도 영유권주장과 일본의 다케시마 영유권 주장이 공존하도록 함께 포용하고 있는 신 한·일어업협정 제15조는 독도 영유권에 대한 한·일간의 ‘중대한 입장 차이(의견 불일치)의 존재’를 공식화한 조항이 되어버린 것이다. 다시 말하면 이 조항은 독도영유권에 대한 ‘분쟁의 존재’를 묵인 내지 간접 규정한 조항이라고 할 수 있다.
요컨대, 신 한·일어업협정 제15조의 분리조항이 잘못 규정되어 일본에 대해 독도영유권을 넘볼 수 있는 국제법적 근거를 제공하고 있는 것이다. 이에 따라 일본은 신 한일어업협정 틀 내에서 다케시마(=독도) 영유권 주장을 할 수 있게 되었고, 한국 정부는 더 이상 이를 부정할 수 없게 되었다. 그 결과 신 한·일어업협정은 어업협정과 영유권문제를 분리시키는 대신에, 독도 영유권문제에 ‘결정적으로 부정적인’ 영향(영유권의 치명적인 훼손)을 미쳤다고 하겠다.
이후 일본은 논거에 의지해 독도 영유권 주장은 물론이고 이를 행동으로써 보여 왔다. 2004년 5월 극우단체인 니혼시도카이(日本士道會) 회원 4명의 해상시위 및 독도 상륙 기도, 주일 한국 대사관 앞에서의 우익단체들의 간헐적인 시위, 2005년 2월 다카노 도시유키(高野紀元) 주한 일본 대사의 “독도는 일본땅”이라는 무도(無道)한 발언, 다케시마 지도 작성 및 국제사회에서의 배포 등은 그 대표적인 예들이다. 일본의 독도 주변 바다에서의 해류조사 실시, 한국의 국제수로기구(The International Hydrographic Organization: IHO)에의 독도 해저(특히 海山) 지명 등재 추진에 대한 일본의 반대 및 무산 실현도 그들에 의한 다케시마 영유권 주장과 깊은 관련이 있는 것들이다.
* 독도본부 18회 학술토론회(07.04.18_ - 【어업협정 이대로 가면 독도주권 곧 넘어간다】
