일본이 신 한·일어업협정에 근거해 동해 중간수역에서 창설·확보하게 된 주권적 권리에는 어떠한 것이 있을까? 이를 첫째, 신 한·일어업협정에서 직접 명기하고 있거나 직접 명기하고 있지는 않지만 관련 규정으로부터 추론할 수 있는 권리와 둘째, 신 한·일어업협정이 의거하고 또 바탕을 두고 있는 유엔해양법협약에서 연역·추론되는 권리로 대별된다.
첫째 유형의 권리에는
① 해양생물자원의 보존권, 어업종류별 어선의 최고조업척수를 포함하는 적절한 관리에 필요한 조치를 취할 권리(부속서 1 제2항 ‘나’호),
② 적절한 관리조치에 대한 위반혐의 감시·조사권 및 타방 체약국에의 통보권(의무적 측면도 있다), 자국선박 단속권 및 필요한 조치 시행의 권리(동 ‘마’호),
③ 중간수역에서 자국의 배타적 경제수역법 및 어업 관련 법령의 제정 및 집행·실시권(동 ‘가’호) 등이 있다.
둘째, 신 한·일어업협정의 전문에서는 “… 양국이 1982년 12월 10일 작성된 "해양법에 관한 국제연합 협약”(이하 "국제연합해양법협약"이라 한다)의 당사국임을 유념하고, 국제연합 해양법 협약에 기초하여, 양국간 새로운 어업질서를 확립하고, 양국간에 어업분야에서의 협력관계를 더욱 발전시킬 것을 희망하여, …”라고 규정하고 있다. 이 같은 규정은 이 협정에 명문의 규정을 두고 있지 않은 사항에 대하여는 신 한·일어업협정의 목적과 정신에 배치되지 않을 경우 유엔해양법협약의 관련 규정이 준용될 수 있음을 시사하는 것이라고 하겠다. 
그리고 앞에서 지적한 바와 같이 중간수역에서는 한일 양국이 각기 자신의 배타적 경제수역법 및 어업 관련 법령을 적용 내지 집행할 수 있는 길이 열려 있다. 이 같은 점에 비추어 볼 때 일본은 중간수역에서 유엔해양법협약 및 그들의 관련 법령에 따라
① 인공도, 시설 및 구조물의 설치와 이용의 권리
② 해양과학조사권
③ 해양환경의 보호 및 보전권
④ 인공도, 시설 및 구조물에 대하여 관세·재정·위생·안전 및 출입국 관리 법령에 대한 관할권
⑤ 배타적 경제수역질서(특히 어업질서)에 관한 법령을 위반한 자국 선박 단속 및 추적권, 나포권
⑥ 자국 선박 및 어민에 대한 민·형사 관할권(재판관할권 및 판결집행의 권리 포함) 등을 행사할 수 있다.
이상의 권리에 대한 열거는 사실 우리의 입장에서 검토한 것이다. 즉, 중간수역은 본래 한국의 EEZ가 되었어야 할 수역인데, 신 한·일어업협정에 따라 중간수역으로 지정된 곳에서 일본에게 새로이 창설·부여된 권리의 범위(내포)라는 관점에서 고찰한 것이라고 하겠다.
하지만 일본의 시각에서 바라보면, 위의 주권적 권리들은 ‘새로이’ 창설된 것이 아니다. 이들은 일본의 입장에서는 신 한·일어업협정에서 확인된 일본의 고유한 주권적 권리의 일부에 지나지 않는 것이거나 동 협정에 의해 제약을 받는(한국과 공유하는) 주권적 권리라고 할 수 있다. 이런 관점에서 볼 경우, 일본이 갖는 권리는 이상의 권리에 국한되지 않는다.
그러면 일본이 (그들의 관점에서) 주장할 가능성이 있는 혹은 이미 주장한 주권적 권리로는 어떠한 것이 있을까? 이와 관련, 일본은 지금까지 신 한·일어업협정에 의지해 중간수역, 특히 독도 주변 바다에 일본선박의 상시주둔권, 해양감시권, 해류조사 실시권, 해양과학조사권, 수로측량권, 방사능오염 조사권, 타방 체약국의 해양과학조사 실시에 대한 동의권, 국제수로기구에의 해저지명 등록 출원권 등을 직·간접으로 주장(기정사실화?)하는 한편, 이와 관련된 공동조사 혹은 상호적 사전통보제 도입 등을 제안해 왔다. 요컨대, 이 같은 권리 주장 및 제안은 일본이 자국 EEZ에 대한 일정한 주권적 권리에 터 잡아 중간수역에 대해 행해지는 것들이라고 할 수 있을 것이다.
* 독도본부 18회 학술토론회(07.04.18)【어업협정 이대로 가면 독도주권 곧 넘어간다】
